Implementasi sistem penjaminan mutu di STAI Hasan Jufri Bawean dilaksanakan secara bertahap ketika akreditasi pertama Program Studi Hukum Ekonomi Syariah tahun 2018. Dalam menjalankan sistem penjaminan mutu, LPM STAI Hasan Jufri Bawean didukung dengan adanya bukti-bukti sistem penjaminan mutu internal meliputi: standar mutu, manual mutu, kebijakan mutu, dan formulir mutu.
Semakin meningkatnya kesadaran tentang pentingnya pelaksanaan sistem penjaminan mutu di lingkungan STAI Hasan Jufri Bawean, maka dalam pengelolaan tata kerja terjadi peningkatan. Hal ini dilakukan bertujuan untuk terwujudnya pelaksanaan mutu akademik yang dapat dipertanggungjawabkan.
Dalam proses peningkatan sistem penjaminan mutu di STAI Hasan Jufri Bawean, pada tahun 2020 LPM STAI Hasan Jufri Bawean melakukan eksternal bechmarking ke 4 LPM; yakni LPM UNUJA Probolinggo, UNZAH Genggong, LPM IA Al-Qolam Malang dan LPM IKHAC Pacet Mojokerto untuk belajar terkait penyusunan Lembar Evaluasi Dini (LED) AIPT Standar 9. Kemudian, pada tahun 2021 LPM STAI Hasan Jufri Bawean melaksanakan eksternal bechmarking kedua ke LPM UIN Sunan Ampel Surabaya untuk studi banding mengenai pengelolaan Lembaga Penjaminan Mutu yang sesuai dengan standar SN-Dikti.
Sampai dengan hari ini, LPM masih melakukan proses pengelolaan untuk menjadi lembaga penjaminan mutu internal yang unggul dan profesional dalam pengelolaan dan pengembangan mutu untuk mendukung tercapainya visi Sekolah Tinggi Agama Islam Hasan Jufri Bawean tahun 2030.